Na época do Descobrimento, Valença era habitada por índios Tupiniquins. Quando Portugal dividiu o Brasil em Capitanias Hereditárias em 1534, a região ficou pertencendo à Capitania de Ilhéus.

O povoamento surgiu na Vila de Nossa Senhora do Rosário de Cairu. Anos depois os primeiros "investidores" chegavam a região. Um deles, Sebastião de Pontes, dono de engenhos no Recôncavo baiano instalou um engenho de açúcar a duas léguas da foz do Rio Una. Foi ele também, quem introduziu a criação de gado no local. Isso ocorreu entre 1557 e 1571. Dois anos mais tarde, Pontes foi preso onde hoje fica Morro de São Paulo e foi levado para Portugal por ter castigado duramente um mascate que lhe tinha ofendido. Pontes morreu em Portugal, não voltando mais ao Brasil. Com seu desaparecimento a economia da região entrou em decadência e foi invadida por índios Aimorés.

Aimorés, o desenvolvimento parece voltar à região, que no momento era o Povoado de Una. Baltazar de Oliveira, desembargador e ouvidor da Comarca de Ilhéus propos a criação de uma vila no então povoado.

Em 1799 nasce a Vila de Nova Valença do Santíssimo Coração de Jesus.