Por se tratar de um ecossistema quase intacto, pode-se afirmar que boa parte ainda é virgem e seu manancial biológico é muito rico e equilibrado.

Em toda ilha é fácil visualizar a riqueza do equilíbrio ecológico nas suas florestas de ombrófila densa (floresta pluvial tropical) de Mata Atlântica, vastos manguezais (vegetação com influência fluvio-marinha), restinga (vegetação com influência marinha), um rico sistema de vida marinha, dunas e praias das mais bonitas e intocadas do nosso litoral.

Existem muitas tartarugas que desovam em todo litoral da Ilha de Boipeba. Na pescaria noturna de lagosta, elas estão sempre lá "atrapalhando" os pescadores locais no seu trabalho secular.

É importante ressaltar que a preservação da biosfera em Boipeba necessita de melhores ações, intervenções e projetos do governo federal, pois o turismo que está crescendo, tende-se a expandir e não existem estudos aprofundados dos possíveis impactos nos ecossistemas da ilha, como por exemplo: Criação de uma base de apoio ao Projeto Tamar, fiscalização da pesca predatória, plano de contingência bem definido para possíveis desastres ambientais provenientes das novas plataformas petrolíferas, Plano de apoio e Desenvolvimento dos Pescadores, Projetos de Turismo Sustentável, proteção contra atravessadores e aproveitadores que criam falsas associações para fins próprios, etc...

Quanto a incidências de tubarões nas praias da Ilha de Boipeba, pode ser considerado muito remoto, pois em levantamentos feito pelo grupo Boipeba.org de 2001 a 2007 junto aos pescadores nativos, foi constatado que pouquíssimos exemplares destes predadores foram vistos no Arquipélago, somente cações (tubarões de pequeno porte e sem maiores riscos para os banhistas) em praias costeiras de Boipeba. Portanto os tubarões foram citados neste documento somente por formalidade científica.